Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Kabupaten Natuna terbentuk berdasarkan Peraturan Daerah nomor 25 Tahun 2001 tanggal 11 Oktober 2001, tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Kabupaten Natuna dan perubahan kedua berdasarkan Peraturan Daerah nomor 06 Tahun 2005 tanggal 25 November 2005 dan pada Tahun 2008 terjadi Perubahan ketiga berdasarkan Perda Nomor 38 Tahun 2008 tanggal 15 Desember 2008 maka Badan Perencanaan Pembangunan Daerah berubah menjadi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah dan Penanaman Modal Kabupaten Natuna dan perubahan keempat berdasarkan Pembangunan Daerah Kabupaten Natuna nomor 5 tahun 2011 tanggal 28 November 2011 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan dan Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Natuna maka Badan Perencanaan Pembangunan Daerah dan Penanaman Modal Kabupaten Natuna berubah menjadi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah. Dengan penjabaran Tugas Pokok dan Fungsi dan Perencanaan Pembangunan Daerah berdasarkan Peraturan Bupati Natuna nomor 24 Tahun 2012, perubahan Kelima berdasarkan Peraturan Daerah nomor 6 Tahun 2016 tanggal 26 Oktober 2016 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan dan Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Natuna maka Badan Perencanaan Pembangunan Daerah berubah menjadi Badan Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan Daerah. Dengan penjabaran Tugas Pokok dan Fungsi berdasarkan Peraturan Bupati nomor 63 Tahun 2016, dan perubahan Keenam berdasarkan Peraturan Daerah nomor 16 Tahun 2021 tanggal 16 Desember 2021 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, dengan penjabaran Tugas Pokok dan Fungsi berdasarkan Peraturan Bupati nomor 1 Tahun 2022.
Dengan terbentuknya Pemerintah Kabupaten Natuna sejak Tahun 1999 sampai dengan sekarang ada beberapa pejabat yang menduduki Kepemimpinan di Badan Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan Daerah Kabupaten Natuna.
Kepala dan Sekretaris Badan Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan Daerah dari waktu ke waktu tahun 1999-2024
| NO | PERIODE | NAMA | JABATAN |
| 1. | 1999-2000 | Drs. H. SAID JAAFAR | Kepala Bappeda |
| H.HARDINANSYAH, SE,M.Si | Sekretaris | ||
| 2. | 2000-2001 | Drs. H. ABDULLAH | Kepala Bappeda |
| H. HARDINANSYAH | Sekretais | ||
| 3. | 2001-2002 | Drs. ZUKHRIN | Kepala Bappeda |
| HARDINANSYAH, SE,M.Si | Sekretais | ||
| 4. | 2002-2004 | H. AMRI MUCHTAR, BA | Kepala Bappeda |
| HARDINANSYAH, SE,M.Si | Sekretaris | ||
| 5. | 2004-2010 | Drs. H. ABDULLAH | Kepala Bappeda dan Penanaman Modal |
| 2004-2005 | AGUS FIRMANSYAH, SE,.Msi | Sekretaris | |
| 2006-2008 | Ir.JERRINO SOEDARNO, Mec | Sekretaris | |
| 2008-2011 | KARTINA RIAUWITA, S.Sos | Sekretaris | |
| 6. | 2011 –Oktober 2017 | HARDINASYAH, SE.Msi | Kepala Bappeda |
| 2011-2012 | SRI HARININGSI, SE,M.Si | Sekretaris | |
| 2012-2012 | EDY PRIYOTO, SH | Sekretaris | |
| 2013-2016 | KADARISMAN, S.Pi. MM | Sekretaris | |
| 2016 – 2017 | DR. RIKA AZMI, S.TP, MM | Sekretaris | |
| 7 | Oktober 2017 | DR. RIKA AZMI, S.TP, MM | Plt. Kepala BP3D |
| 8 | Januari 2018 –sampai sekarang | MOESTOFA ALBAKRY, SE | Kepala BP3D |
| MARWAN SJAHPUTRA, S.TP | Sekretaris | ||
| TUKINO, SP | Plt. Sekretaris | ||
| ASMIR, SKM. M.Si | Sekretaris |